Dengan itu, sistem pemerintahan kesultanan Melayu telah dihapuskan. Dengan termeterainya Perjanjian Bangkok pada tahun 1909,Patani telah diakui oleh British sebagai sebahagian daripada jajahan Siam walaupun tanpa kerelaan orang-orang Melayu Patani.

Semenjak penghapusan pemerintahan Kesultanan Melayu Patani, orang-orang Melayu-Patani berada dalam keadaan tertekan dan daif. Seperti yang diungkap oleh W.A.R. Wood, Konsol British di Senggora, orang-orang Melayu telah menjadi mangsa sebuah pemerintahan yang ‘misgoverned’. Justeru, tidaklah hairan kekacauan seringkali berlaku di Patani. Pada tahun 1923, Tengku Abdul Kadir Kamaruddin, bekas raja Kerajaan Melayu Patani, dengan sokongan pejuang-pejuang Turki, telah mengepalai gerakan pembebasan. Kebangkitan anti-Siam menjadi lebih hebat lagi apabila kerajaan Pibul Songgram (1939-44) cuba mengasimilasikan kaum minoriti Melayu ke dalam masyarakat Siam melalui Dasar Rathaniyom.

Penglibatan Siam dalam Perang Dunia Kedua di pihak Jepun telah memberikan harapan kepada orang-orang Melayu Patani untuk membebaskan tanah air mereka daripada penjajahan Siam. Tengku Mahmood Mahyideen, putera bekas Raja Melayu Patani juga seorang pegawai berpangkat Mejar dalam pasukan Force 136, telah mengemukakan rayuan kepada pihak berkuasa British di India supaya mengambil alih Patani dan wilayah sekitarnya serta digabungkan dengan Tanah Melayu.

Cadangan Tengku Mahmud itu adalah selaras dengan rancangan Pejabat Tanah Jajahan British untuk mengkaji kedudukan Segenting Kra dari sudut kepentingan keselamatan Tanah Melayu selepas perang nanti.

Harapan itu semakin cerah apabila kuasa-kuasa berikat, dalam Perisytiharan San Francisco pada bulan bulan April 1945, menerima prinsip hak menentu nasib sendiri (self-determination) sebagai usaha membebaskan tanah jajahan daripada belenggu penjajahan.

Atas semangat itu, pada 1 November 1945, sekumpulan pemimpin Melayu Patani dipimpin oleh Tengku Abdul Jalal, bekas wakil rakyat wilayah Menara, telah mengemukakan petisyen kepada Kerajaan British merayu supaya empat wilayah di Selatan Siam dibebaskan daripada pemerintahan Siam dan digabungkan dengan Semenanjung Tanah Melayu. Namun begitu, pendirian British terhadap Siam berubah apabila Peperangan Pasifik tamat. Keselamatan tanah jajahan dan kepentingan British di Asia Tenggara menjadi pertimbangan utama kerajaan British dalam penggubalan dasarnya terhadap Siam atau pun Patani.

Kerajaan British memerlukan kerjasama Siam bagi mendapatkan bekalan beras bagi keperluan tanah jajahannya. Tidak kurang pentingnya, kerajaan British terpaksa menyesuaikan dasarnya terhadap Siam dengan tuntutan Amerika Syarikat yang mahu mengekalkan wilayah Siam seperti dalam tahun 1941.

Kebangkitan Komunis di Asia Tenggara, khususnya di Tanah Melayu pada tahun 1948, menjadi faktor pertimbangan British dalam menentukan dasarnya. Kerajaan British menganggap Siam sebagai negara penampan terhadap ancaman Komunis China. Justeru, Kerajaan British mahu memastikan Siam terus stabil dan memihak kepada Barat dalam persaingan dengan Negara-Negara Komunis. Kerajaan British memerlukan kerjasama kerajaan Siam bagi menghapuskan kegiatan penganas-penganas Komunis di perbatasan Tanah Melayu.

Kebetulan pula kerajaan Siam telah memberi jaminan untuk memperkenalkan reformasi pentadbiran dan sosio-ekonomi di Patani bagi mengatasi masalah yang dihadapi oleh masyarakat Melayu. Oleh kerana itu, isu Patani mula dianggap kurang penting malahan kiranya dibangkitkan akan menjejaskan hubungan dengan Siam.

Selepas Persidangan Senggora pada awal Januari 1949, pihak berkuasa British di Tanah Melayu atas tuntutan pihak Siam mula mengambil tindakan terhadap pemimpin-pemimpin pejuangan Patani. GEMPAR juga telah diharamkan. Tengku Mahmood Mahyideen telah ditekan manakala Haji Sulung dihukum penjara. Pergerakan politik Patani semakin lemah dengan kematian Tengku Mahmood Mahyideen dan Haji Sulung pada tahun 1954.

Sehubungan perjuangan politik kemerdekaan Patani, seorang pegawai Pejabat Tanah Jajahan British pernah mengulas bahawa:

----------------------------------------------------------------------------------------------
If the affairs in this world were settled by common sense and equity, I personally have no doubt what ever that Patani ought to be seperated from Siam dan become part of Malaya. The inhabitants are 90%. Malays and 90% Muslims (in a Buddhist country). All their connections are with the south, and particularly with Kelantan, and the Siamese record in Patani is one of dreary mis-rule interspersed with sporadic outbursts of actual tyranny. There is no doubt that where the wishes of the inhabitants lie, and a fair plebscite (if one could be arranged) could only have one result. In the complex affairs of international politics, however, mere practical considerations of this mind do not find much place